❝ Ceux qui te disent qu'ils ont toujours été heureux sont des menteurs ❞ • Daenerys Targaryen est la princesse exilée de la dynastie Targaryen. Surnommée Daenerys « du Typhon », elle et son frère Viserys sont envoyés incognito à Essos à la fin de la rébellion menée par Robert Baratheon contre leur père, Aerys II, le « Roi fou ». Pendant dix-sept ans, elle a été placée sous l'autorité de Viserys, un jeune homme violent désireux de récupérer le Trône de fer. En échange d'une armée, celui-ci la marie au chef Dothraki, Khal Drogo, faisant d'elle une « Khaleesi », reine des Dothraki. D'abord effrayée par son nouvel époux, Daenerys apprend à l'aimer, en même temps qu'elle découvre la culture et la langue Dothraki. Elle finit par se rebeller contre son frère, fatiguée de ses menaces, et il est finalement assassiné par son mari. Elle attend un fils de Drogo, au sujet duquel une prophétie Dothraki dit qu'il sera « L’Étalon qui monte le Monde ». Mais lorsque Drogo tombe malade, une sorcière propose à la jeune princesse d'échanger la vie de son enfant à naître contre celle de son époux. La sorcière, Mirri Maz Duur, se joue de Daenerys et celle-ci perd à la fois son mari et son fils. Mirri est condamnée au bûcher. Désespérée, Daenerys décide de se fier aux œufs de dragons qu'elle a reçu en cadeau de mariage, et qui éclosent.

Désormais autoproclamée « Mère des Dragons », elle commence un long et difficile périple en quête d'une armée et d'un moyen de traverser la mer pour reprendre le Trône de Westeros qui lui revient de droit. Elle voyage aux côtés de ceux qui lui sont restés fidèles : le reste des Dothrakis qui ne l'ont pas abandonnée, ainsi que Jorah Mormont. Obligée de se tourner vers l'est pour éviter les territoires Dothrakis, elle arrive dans la ville de Qarth, seul espoir d'échapper au désert. Bien que les dirigeants de la ville lui refusent d'abord l'entrée, elle est finalement prise sous l'aile d'un riche marchand du nom de Xaro Xhoan Daxos. Ce dernier lui propose de lui donner son or pour qu'elle se paye bateaux et armée, contre la promesse qu'elle l'épousera. Daenerys hésite à accepter la proposition mais finit par refuser. Ses dragons se font alors enlever par un sorcier du nom de Pyat Pree, complice de Daxos qui s’autoproclame roi de Qarth. Daenerys parvient à retrouver ses dragons dans une mystérieuse tour, et tue Pyat Pree avec ses jeunes dragons. Elle retrouve ensuite Xaro Xhoan Daxos et le fait enfermer dans son coffre. Elle pille ensuite la villa de ce dernier et quitte la ville.

Daenerys se tourne alors vers les marchands d'esclaves de La Baie des serfs pour acheter de redoutables soldats eunuques et esclaves appelés « Les Immaculés » à Astapor. Elle y rencontre Barristan Selmy, qui a décidé de venir la servir après avoir été rejeté par Joffrey Baratheon. Elle rencontre également Kraznys mo Naklaz, maître esclavagiste des immaculés qui refuse d'abord de les vendre, mais finit par accepter contre un dragon. Daenerys finit cependant par rouler Kraznys et le tuer à l'aide de ses dragons, juste après s'être emparé des immaculés, qui éliminent les autres maîtres esclavagistes de la ville. Daenerys libère les immaculés de l'esclavagisme, et chacun décide de rester la servir. Daenerys s'arrête ensuite à Yunkaï, autre ville esclavagiste, qu'elle réussit à prendre avec l'aide de Daario Naharis, chef d'un groupe de mercenaires, qui devient par la suite un proche confident. Elle abroge l'esclavage dans la ville, où elle se fera acclamée par la foule.

Daenerys part faire de même à Meeren, ville voisine. Elle prend la ville en provoquant une révolte des esclaves, pour laquelle elle fournit les armes. Choquée sur le chemin de Meereen par les 163 enfants esclaves morts crucifiés, elle décide de faire justice en crucifiant 163 Grands Maîtres esclavagistes, décision que Barristan Selmy conteste. Mais elle apprend rapidement que Yunkaï a renoué avec la tradition esclavagiste à la suite du manque d'autorité. Elle décide de diriger Meereen comme reine. Elle découvre que régner est difficile et a de plus en plus de mal à contrôler ses dragons. Après avoir appris que Drogon a tué un enfant et disparu par la suite, elle décide d'enfermer Viserion et Rhaegal par prévention. Tandis qu'elle succombe au charme de Daario, elle apprend que Jorah était à l'origine un espion au service de Robert Baratheon. Elle demande immédiatement à Jorah de quitter la ville et de ne plus jamais croiser son chemin.

Par la suite, elle doit faire face aux Fils de la Harpie, une secte esclavagiste qui s'attaque aux soldats Immaculés. Lors d'une embuscade de ces derniers, Ver Gris, commandant des immaculés, est blessé, et Barristan Selmy est tué. Consciente qu'elle n'arrive pas à gérer les tensions de la population, Daenerys décide d'accepter de rouvrir les arènes, malgré son dégoût pour les jeux, et d'épouser un riche citoyen de Meereen : Hizdhar zo Loraq. Elle recroise lors d'une tournée dans différentes arènes la route de Jorah Mormont, qui lui amène Tyrion Lannister en cadeau. Elle décide de garder Tyrion comme conseiller, mais re-bannis Jorah, ne lui ayant toujours pas pardonné de l'avoir espionné. Lors d'un combat dans l'arène de Meereen, le duel est interrompu pas une attaque des Fils de la Harpie, durant laquelle Hizdhar est tué. Les Immaculés, malgré leurs talents de guerriers, finissent encerclés pas les ennemis. Alors que Daenerys se prépare à être tuée, Drogon réapparait, brûle une partie des Fils de la Harpie, et Daenerys le chevauche pour s'enfuir de l'embuscade. Elle arrive sur un Territoire Dotrak et se fait enlever par les Dothrakis du Khal Moro.

Elle apprend qu'elle doit finir ses jours au Dosh Khalleen comme toutes les veuves de Khals, ou alors les Khals lui réserveront un destin bien moins aimable à base de viols et d'esclavage. Mais lorsque son destin doit être décidé par une réunion de tous les Khals, elle insulte ceux-ci avant de tous les brûler y comprit le Khal Moro. Elle ressort du bâtiment où se tenait la réunion intacte avec le peuple Dothraki à ses pieds. Elle retrouve une nouvelle fois par la suite Jorah Mormont, qui était parti avec Daario à sa recherche. Jorah lui révèle alors sa maladie, ainsi que son amour pour elle. Daenerys finit alors par le pardonner et lui ordonne de trouver un remède à sa maladie, avant de revenir la servir loyalement comme il l'a toujours fait. Elle retourne alors à Meereen pour y découvrir la ville assiégée. Grâce à l'aide de ses dragons et de l'armée dothraki, elle parvient à les vaincre. Elle reçoit ensuite la visite de Yara et Theon Greyjoy qui lui propose leur flotte si en échange Daenerys accepte que Yara accède au trône des îles de fer. Daenerys finit par accepter, si Yara accepte de soutenir son intention de prendre le trône de fer. Plus tard, se préparant à partir, elle demande à Daario de rester à Meereen pour y préserver la paix, puis nomme Tyrion au poste de Main de la reine. Daenerys met ensuite les voiles sur Westeros grâce à la flotte combinée des esclavagistes vaincus et des Greyjoy.

Daenerys décide d'accoster à Peyredragon, lieu de sa naissance, pour lancer sa conquête de Westeros. Avec l'aide de Tyrion, elle élabore un plan de conquête : ses alliés assiégeront la capitale tandis que les immaculés, menés par Ver Gris, attaqueront Castral Roc, demeure ancestrale des Lannister. Daenerys reçoit également la venue de Mélisandre qui lui informe de la présence de John Snow comme nouveau roi dans le Nord. Estimant qu'il ferait un bon allié, Tyrion décide de l'inviter à venir rencontrer Daenerys. Elle rencontre Jon, mais ce dernier refuse de plier le genou devant elle et lui parle alors de la menace des marcheurs blanc, à laquelle elle ne croit pas initialement. Sous les conseils de Tyrion, elle se rapproche de Jon en lui permettant d'extraire le verre dragon de l'île. Elle apprend par Varys la défaite de Yara et Ellaria Sand face à Euron Greyjoy et la mort d'Olenna Tyrell, et souhaite se lancer seule à la poursuite de ce dernier avec ses dragons, ce que ses conseillers lui dissuadent de faire. Sur le conseil de Jon, elle décide de ne pas brûler les châteaux. Néanmoins, elle part avec Drogon et les Dothrakis affronter l'armée Lannister. Arrivés face à eux, elle ordonne à Drogon de brûler les soldats Lannister pour créer une brèche afin de permettre aux Dothrakis d'attaquer les Lannister. Elle se charge ensuite de brûler les cargaisons de nourriture. Jaime essaye tant bien que mal d'arrêter la progression de Drogon sans grand succès. Le dragon se fait néanmoins touché par l'une des flèches tirée par Bronn avec le Scorpion de Qyburn. Blessé, il arrive à se débarrasser de la menace facilement. Daenerys remporte la bataille et a réduit en cendres l'armée Lannister. Elle demande aux rescapés de ployer le genou devant elle. Devant Drogon, de nombreux soldats acceptent sauf Randyll et Dickon Tarly. Elle décide de les brûler vifs pour trahison. Revenue de la bataille sur le dos de Drogon, elle est surprise quand ce dernier tente un rapprochement avec Jon. Elle retrouve Jorah Mormont, fraîchement guéri. Après avoir reçu un corbeau de Bran les alertant de la progression des marcheurs blancs au-delà du Mur, elle accepte à contre cœur de laisser Jon partir en expédition afin de ramener un mort comme preuve de leur existence. Alors que Jon, Jorah, Gendry et Davos ont quitté Peyredragon pour Fort-Levant, elle reste avec Tyrion. Ils ont une discussion sur son attirance pour Jon, sur la mort des Tarly et sur son successeur, ne pouvant pas avoir d'enfant. Alertée par corbeau du danger que courent Jon et les autres, elle décide de partir pour Fort-Levant avec Drogon, Rhaegal et Viserion bien que Tyrion le lui déconseille. Elle arrive à temps pour sauver le groupe. Dans la bataille contre les morts, Viserion est tué par le Roi de la nuit. Alors que Jon est encore à terre et que les autres ont pu grimper sur Drogon, elle est contrainte de partir pour éviter qu'un autre de ses dragons meure. Jon, revenu d’au-delà du Mur, elle découvre avec stupeur ses cicatrices. Elle est au chevet de Jon jusqu'à son réveil. Alors que ce dernier s'excuse et lui prête allégeance, ils se rapprochent.

En route pour Port-Réal pour la rencontre avec Cersei, elle arrive à Fossedragon sur le dos de Drogon. Alors que Tyrion mène la discussion, elle témoigne de ce qu'elle a vu au-delà du mur. Alors que Jon réitère son allégeance pour Daenerys mais cette fois devant tout le monde, elle lui raconte l'histoire de Fossedragon pendant que Tyrion est en discussion avec Cersei. Elle lui rappelle encore une fois qu'elle ne peut pas avoir d'enfant, mais Jon en doute. Revenus à Peyredragon pour établir le plan de combat pour protéger le Nord, elle décide contre l'avis de ces conseillers de voyager avec Jon en bateau.